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近日，南方医科大学基础医学院周万军团队撰写的论文Nanopore Third-Generation Sequencing for Comprehensive Analysis of Hemoglobinopathy Variants在医学实验技术顶尖期刊CLINICAL CHEMISTRY（1区，影响因子12.167） 以JOURNAL ARTICLE的形式在线发表。南方医科大学周万军教授、检验与生物技术学院杨学习副教授为本文共同通讯作者，达瑞生物团队杨旭、韩婉青提供技术支持。
第三代单分子实时测序技术，以不经过扩增的单分子测序和可达 1 Mb量级的长读长为标志，可实现对每一条DNA分子的单独测序，在串联重复序列分析、结构变异、单倍型分析等遗传学检测的各方面上有其独特的优势，从而获得更丰富更全面的遗传信息，进一步提高疾病的检出率。
近年来，第三代单分子实时测序技术广泛应用于肿瘤基因及遗传病等检测中。其中，由珠蛋白基因簇缺陷引起的血红蛋白病是最常见的单基因疾病之一，可分为异常血红蛋白和地中海贫血。血红蛋白病可防可控却难以治愈，把好“筛查”关对做好出生缺陷防控具有重要临床意义。
基于此，该团队以人类珠蛋白基因为靶标，重点解决高同源、高GC复杂二级结构对扩增效率的影响，设计一种针对多位点、多变异类型的超长片段多重PCR扩增模板制备方案，建立基于纳米孔技术的三代测序方法，以实现血红蛋白病基因变异的全面分析。该方法可以检测到HBA2/1、HBG2/1、HBB和HBD序列中的所有SNVs/SVs。同时，还可以根据特定等位基因模板的存在来识别目标缺失和特殊的SVs。此外，用于文库制备的多重长PCR方案为三代测序的开发，特别是在高GC序列和复杂变体的遗传疾病的应用中，提供了实际参考。
附图：Nanopore三代测序方法学流程与原理示意图
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